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小规模企业投标3%税率,竣工开票1%被甲方扣2%税差怎么办?
发布时间:2026-05-06   来源:肖太寿博士说税 
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       在工程造价结算审核实务中,小规模企业按3%税率报价并签约,施工完毕却因国家增值税税率优惠只能开具1%发票,甲方要求扣减2%税差的纠纷高发。这2%究竟该不该扣?合同价款能否调整?肖太寿博士结合福建高院真实判例和2026年最新实务规则,给出可落地的解决方案。

 

一、先搞清:1%是国家给小规模企业的税率优惠政策

 

      根据《财政部 税务总局关于增值税小规模纳税人减免增值税政策的公告》(2023年第19号),政策执行期至2027年12月31日,小规模纳税人/小微企业原适用3%征收率的应税收入,减按1%征收增值税。  

      这一优惠的直接受益对象是施工方(小规模/小微企业),而非建设单位。甲方无权因国家让利于乙方,就擅自扣减合同价款。

 

 二、核心争议:税率差2%,合同价款能不能调?

 

情况1:合同写明了“含税总价,小规模企业税率3%”  

甲方逻辑:我付的价款包含了3%的进项抵扣,现在只拿到1%发票,少抵扣2%,所以要扣款。  

乙方逻辑:我是小规模纳税人,国家允许我按1%开票,优惠政策不是给甲方的,合同没写可以调价就不能扣。

主流司法观点:若合同中没有明确约定“税率优惠可调价”或“以不含税价为基准”,一般不支持甲方调价或扣款。  

理由:税金是合同价款的组成部分,但纳税义务属于行政法律关系,合同

价款结算于民事法律关系。两者在合同无明文联动约定的情况下,各自独立。

 

情况2:合同只写了总价,未提及税率 

      视为总价包干。甲方不能以税率变化为由,强行扣除2%税差。

 

三、高院判例支撑:2022闽民申4951号(福建高院再审裁定)

 

【真实案例重现】

      某小规模纳税人施工企业(乙方)按3%税率报价并签订施工合同。工程竣工后,因国家小规模纳税人增值税优惠政策,乙方实际按1%税率开具发票并纳税。建设单位(甲方)主张:应按1%税率重新计算工程价款,要求扣回2%的“税差”。  

 

福建高院再审裁定认为:  

      国家减税政策的优惠对象是小微企业本身,而非建设单位。甲方的主张实质上曲解了国家优惠政策,违背了扶持小微企业发展的初衷。  

      合同约定以何税率计算工程价款中的税金,是双方自愿协商的民事法律关系;而乙方按何税率向税务机关纳税,属于行政法律关系。在合同没有明确约定的情况下,两者并无必然联系。  

      裁定结果:驳回甲方(福建省某某医院)的再审申请。即:甲方无权强行扣除2%税差,应按原合同约定价款结算。

 

四、2026实务建议:小规模/小微企业必看

 

1、正在投标/签合同:

      这样写最稳:在报价栏或专用条款中明确注明 “本报价为含税价,乙方为小规模/小微企业纳税人,适用3%征收率。若国家出台小规模纳税人税率优惠政策导致乙方实际按1%开具发票,不调整合同价款,税率差视为国家给予乙方的政策红利。”

 

2、已签合同约定税率3%,现需开1%发票  

      优先友好协商:提出“以不含税价为基准,按1%重新计算含税结算价”的方案。  

        公式:原合同不含税价 = 原合同含税总价 ÷ (1+3%);  

        新含税结算价 = 原合同不含税价 × (1+1%)。  

        此方案下,乙方不额外获利,甲方实际支付总额略降,易于接受。  

      若甲方强行扣款:可援引2022闽民申4951号判例,明确告知:无合同约定,法院不支持扣税差。

 

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