一、先看政策：
国家税务总局关于物业管理服务中收取的自来水水费增值税问题的公告国家税务总局公告2016年第54号：“现将物业管理服务中收取的自来水水费增值税有关问题公告如下：提供物业管理服务的纳税人，向服务接受方收取的自来水水费，以扣除其对外支付的自来水水费后的余额为销售额，按照简易计税方法依3%的征收率计算缴纳增值税。本公告自发布之日起施行。2016年5月1日以后已发生并处理的事项，不再作调整；未处理的，按本公告规定执行。”
根据上述规定提供物业管理服务的纳税人，向服务接收方收取的自来水水费能进行简易计税。提供物业管理服务的纳税人，向服务接受方收取的自来水水费，以扣除其对外支付的自来水水费后的余额为销售额，按照简易计税方法依3%的征收率计算缴纳增值税。
----这段主要说的是提供物业管理服务的纳税人，自来水的转售可以简易计税。
二、水的转售比较特殊，为什么特殊呢，我们得从销售自来水的税率开始说。
正常情况下，自来水公司能够取得的进项税发票较少，税负率相对较高，因此国家给予一个特殊规定：一般纳税人销售自产的自来水可选择按照3%简易征收率纳税，所以基本自来水公司一般会选择简易计税，也就是开3%的专用发票。
其他单位转售就得按照9%缴纳增值税，因为其他单位不是自产，不能选择简易计税。
税务总局为了解决这个问题，专门出台了《国家税务总局关于物业管理服务中收取的自来水水费增值税问题的公告》（国家税务总局公告2016年第54号）。公告规定，提供物业管理服务的纳税人，向服务接受方收取的自来水水费，以扣除其对外支付的自来水水费后的余额为销售额，按照简易计税方法依3%的征收率计算缴纳增值税。解决了提供物业服务自来水费的增值税问题。
提示：以上优惠政策仅针对提供物业管理服务的纳税人，可以仅按差额的部分按照3%缴纳增值税，如果没有差额当然就不存在交税。
三、根据以上分析，得出的结论：回到今天的问题，如果公司是商贸公司（提供非物业服务）的一般纳税人，销售的是非自产的自来水，根据《增值税暂行条例》的规定，税率是9%，不能按3%开具发票，更不能按差额3%开票。
四、补充的其他问题：我们日常支付水费除了基本水费以外，还有污水处理费、水资源费(已经水资源费改税）
根据财税〔2001〕97号文件规定： 污水处理费是免增值税的。
费改税之前，水资源费部分向用水户开具财政专用收费票据，不计征增值税。
水资源费改为水资源税并由城镇公共供水企业缴纳后，为落实中央关于不增加城镇公共供水企业负担的改革试点精神，在水资源费改税试点期间，城镇公共供水企业缴纳的水资源税所对应的水费收入，仍不计征增值税，可以开具不征税发票。
所以一般情况下自来水公司开具的发票还包括这个费用。
